東京湾の闇に蠢く、滅びたはずの悪の組織「新生ショッカー」。
警視庁特捜課の警部補・水野真由美は、単独潜入中に筋肉女怪人ハルク・ドミナの圧倒的な暴力の前に敗北してしまう。

囚われの身となった真由美（ミニスカ仮面ライダー5号）を待っていたのは、ドクトル・カミュによる残虐非道な「肉体の蹂躙」と、感情を奪い去る非情な洗脳手術「スカル・コア」の植え付けだった。
スカートを剥ぎ取られ、ショッカー戦闘員たちの欲望の生贄とされ、ついに冷酷な殺●兵器へと変貌を遂げてしまった真由美。

彼女に下された命令は――相棒であり後輩の「赤星玲（ミニスカ仮面ライダー9号）の抹殺」。
冷たい雨が降り頻る中、かつての戦友同士による、互いのプライドと命を賭けた哀しきキャットファイトが始まる。
玲の叫びは、汚され、心を閉ざした真由美の脳裏に届くのか！？
そして、暴走する巨大AI「スカル・マザー」を相手に、2人のシステムが同調（コネクト）するとき、奇跡のツイン・ドライブが覚醒する！